Thanh toán điện tử đã xuất hiện rất lâu trên thế giới cùng với sự phát triển của Internet. Công nghệ là yếu tố hàng đầu thúc đẩy sự phát triển của thanh toán điện tử. Cùng với sự phát triển của các trang thương mại điện tử, nhu cầu thanh toán điện tử được tăng cao và phát triển đến hiện nay.

Thanh toán điện tử bắt nguồn từ những năm 1870, khi Western Union ra mắt hệ thống chuyển tiền điện tử vào năm 1871. Kể từ đó, mọi người đã chú trọng tới ý tưởng gửi tiền để thanh toán cho hàng hóa và dịch vụ mà không nhất thiết phải có mặt tại các điểm bán hàng.

Từ những năm 1870 đến cuối những năm 1960, các khoản thanh toán trải qua một sự chuyển đổi chậm nhưng dần dần. Vào những năm 1910, Cục Dự trữ Liên bang Mỹ (tiếng Anh: Federal Reserve of America) bắt đầu sử dụng điện báo để chuyển tiền. Những năm 1950, Diner Diner Club International đã trở thành công ty thẻ tín dụng độc lập đầu tiên, ngay sau đó là American Express. Năm 1959, American Express đã giới thiệu với thế giới thẻ nhựa đầu tiên cho thanh toán điện tử.

Bước vào thập niên 1970, mọi người trở nên phụ thuộc hơn vào máy tính như một phần của quy trình mua hàng. Năm 1972, Nhà thanh toán tự động (ACH - Automated Clearing House) được phát triển để xử lý hàng loạt khối lượng giao dịch lớn. NACHA đã thiết lập các quy tắc hoạt động cho thanh toán ACH chỉ hai năm sau đó.

Hệ thống thanh toán tiền điện tử có những ưu điểm giống như thanh toán tiền mặt, cụ thể là ẩn danh và thuận tiện. Như trong các hệ thống thanh toán điện tử khác (tức là dựa trên EFT và các trung gian), bảo mật trong quá trình giao dịch và lưu trữ là mối quan tâm hàng đầu[4].

Tại Việt Nam, thanh toán điện tử phát triển mạnh mẽ cùng với sự phát triển của Internet, 3G, điện thoại thông minh, thẻ ngân hàng và các trang thương mại điện tử, cụ thể là từ khoảng 2015. Người tiêu dùng thời đại mới đề cao sự thuận tiện nên sự ra đời của những trang thương mại điện tử kéo theo sự ra đời của thanh toán điện tử giúp cho người dùng tiết kiệm được thời gian trong việc mua sắm (mua vé máy bay, mua hàng trực tuyến) cũng như thanh toán các hóa đơn mỗi ngày (dịch vụ điện, nước, Internet, điện thoại, truyền hình cáp, đóng phí bảo hiểm) một cách nhanh chóng và thuận tiện hơn.